2199-ben Egy idegen faj a Gamilas megtámadja a földet mérgezö meteoritokkal bombázzák,hogy átalakítsák a környezetet a maguk számára.A mars mellett egy végzetes csatában elpusztúl a földi űr flotta,úgy tűník,hogy mindennek vége mikor egy kapszula érkezik az űrből és benne egy üzenet ami talán segíthet a földön ,de el kell érte menni.A Yamato marad a föld utólsó reménye...