Egy atomtengeralattjárót váratlan támadás ér. A hadsereg ezért leküld egy speciális mentőcsapatot, hogy hozzák fel a túlélőket és a hajót. Aronnaux hadnagy indul az expedícióra, de a mélyben nem csak ismeretlen szörnyek, de ismeretlen hajók is tartózkodnak, fedélzetükön Nemo kapitánnyal, akihez egy támadás során kerülnek és akinek feltett szándéka a víz alatti város újjáépítése. Ehhez pedig a tudós Aronnaux hadnagy és találmánya nagy segítséget nyújthat, ám az utópisztikus világa mellett Nemo a régi világok megsemmisítését is tervezi, ami már nincs ínyükre a mentősöknek. Így megszöknek a Nautilusról, hogy befejezzék eredeti küldetésüket. Nemo azonban elvakultan üldözőbe veszi őket, mert szeretné megszerezni azt a találmányt, ami kulcs lehet egy új Atlantisz megépítéséhez.